Dans les temps anciens, les hommes vivaient en étroite relation avec la Nature et la révéraient comme source de toute vie. Ils vénéraient les montagnes, les rivières, les plantes, les arbres et la terre, car ils les croyaient habités par des esprits. Ils leur vouaient des cultes afin de bénéficier de leur protection.
Le site qui abrite le monastère Natadera était tenu pour sacré depuis les époques Jōmon (14 000 à 300 av. J.-C) et Yayoi (300 av. J.-C à 250 apr. J.-C).
Les hommes de l’époque Jōmon croyaient en la réincarnation de l’âme. Ils considéraient la grotte que l’on trouve sur le site de Natadera comme une matrice sacrée, la comparant à un utérus de femme. Ils croyaient que traverser cette grotte avait pour vertu de laver l’âme des souillures de ce monde pour renaître purifié.
Le monastère Natadera vit au rythme des quatre saisons, ne faisant qu’un avec la Nature. Niché au cœur d’une grande forêt, il offre un cadre privilégié pour trouver de l’apaisement. Durant l’époque d’Edo (1603 –1868), le poète Matsuo Bashō, grand maître dans l’art du haïku, y vint en pèlerinage. Il laissa un joli poème où il loue la beauté du site : « Ishiyama no ishi yori shiroshi aki no kaze (Vent d’automne, plus blanc encore que les falaises blanches de la montagne rocheuse) ».
Le monastère perpétue le rituel de la traversée de la grotte, considérée comme une matrice de purification de l’âme (Iwaya-tainai-kuguri ). Ce rituel est lié à un concept religieux désigné par l’expression Umarekiyomaru qui signifie littéralement « renaître purifié ».
Considéré comme lieu de résidence de la « déesse à la blancheur pure », le mont Hakusan fait l’objet d’un culte depuis les temps anciens. C’est l’une des « trois plus belles montagnes du Japon », avec le mont Fuji et le mont Tateyama. (Le mont Fuji et le mont Tateyama sont également des montagnes vénérées).
Selon la croyance locale, le mont Hakusan (Hakusan signifie littéralement « Montagne blanche »), serait un lieu où les âmes retournent pour retrouver une pureté immaculée avant de renaître.
En 717, le grand moine Taichō fut le premier à faire l’ascension du mont Hakusan. La même année, il entreprit la construction d’un monastère qui devait plus tard devenir le monastère Natadera. Ce premier monastère fut
baptisé Iwaya-dera par référence aux grottes naturelles dans la montagne rocheuse.
Le culte du mont Hakusan s’est très tôt amalgamé avec le rituel de la traversée de la grotte du monastère Natadera (Iwaya-tainai-kuguri ), en vertu d’un parallélisme établi entre les rochers du mont Hakusan et les grottes du monastère. Dans ces deux croyances, les âmes renaissent après avoir été purifiées (umerekiyomaru).
Le concept bouddhique de communion avec la Nature, (jinenchi) qui forme le pilier de l’enseignement de Taichō fait écho à la vénération de la Nature qui caractérise le culte du mont Hakusan. Le monastère Natadera cultive ces deux héritages.
Le monastère fut rebaptisé Natadera en 986 par Kazan, empereur retiré, entré en religion, qui séjourna dans ces lieux. Il fit construire plusieurs bâtiments, contribuant ainsi à la prospérité et au rayonnement du monastère.
Par la suite, le monastère fut malheureusement par trois fois dévasté par des incendies provoqués lors de guerres. Il fut reconstruit en 1640 par Maeda Toshitsune, troisième seigneur
du fief de Kaga.
Sept bâtiments du monastère ont été désignés biens culturels importants. Deux sites ont été classés parmi les sites remarquables. Le monastère Natadera a également été distingué d’une étoile par le guide Michelin pour la beauté tant de l’architecture que du cadre. L’année 2017 marquera le 1300e anniversaire de la fondation du monastère par le moine Taichō en 717.